Открытая ИИ-модель научилась читать геномы от бактерий до человека

Открытая ИИ-модель научилась читать геномы от бактерий до человека

Открытая ИИ-модель научилась читать геномы от бактерий до человека

Команда Arc Institute вместе с инженерами NVIDIA представила Evo 2 — геномную ИИ-модель, которая умеет не только предсказывать следующий символ в ДНК, но и в целом довольно неплохо понимать генетический код во всех доменах жизни — от бактерий до человека.

Самое приятное для науки: проект выложили полностью открыто — с весами модели, кодом и датасетом.

Если первая Evo отлично чувствовала себя на бактериальных геномах (там гены часто стоят кучками по смыслу), то с эукариотами всё куда хаотичнее: интроны, сплайсинг, регуляторные участки, которые могут быть далеко от гена, и море слабых статистических сигналов. Evo 2 как раз и задумали как ответ на эту сложную логику больших геномов.

Технически это модель на архитектуре StripedHyena 2, которая умеет работать с очень длинным контекстом — до 1 млн нуклеотидов за раз. Обучали её на OpenGenome2: это почти 9 трлн пар оснований/«токенов» ДНК из всех доменов жизни (включая бактериофаги).

При этом датасет, по описанию авторов, специально «подрезали» по части вирусов, заражающих эукариот, чтобы снизить риски потенциального злоупотребления.

Интереснее всего даже не масштаб, а то, что модель «нащупала» сама. В аннотациях к работе описывают, что Evo 2 выучила признаки вроде границ экзонов / интронов (сплайс-сайтов), участков связывания транскрипционных факторов, даже некоторые структурные элементы белков — то есть куски биологии, которые человеку часто приходится ловить отдельными инструментами и с погрешностями.

А в прикладной части авторы показывают, что Evo 2 может оценивать влияние вариантов в геноме без дообучения под конкретную задачу — например, для вариантов гена BRCA1 в тестах заявляется точность выше 90% в классификации «похоже на доброкачественный» против «потенциально патогенный». Это ровно тот случай, когда модель может стать полезным фильтром: подсказать, на какие мутации тратить время в лаборатории в первую очередь.

Подпишитесь на новости

Сдайся и получи награду: что адвокат Бух предлагал мнимому главе LockBit

«Известия» опубликовали расследование о переговорах американского адвоката Аркадия Буха с человеком, выдававшим себя за предполагаемого руководителя LockBit Дмитрия Хорошева. По версии издания, юрист предлагал собеседнику сдаться властям США и разделить награду за его поимку. Бух это отрицает.

В материале «Известий» говорится, что анонимный источник передал редакции видеозаписи разговоров. Сам источник утверждает, что назвался Хорошевым, чтобы получить ответы адвоката.

За информацию, позволяющую установить местонахождение Хорошева или добиться его задержания, американские власти предлагают до $10 млн. По интерпретации опубликованных записей, Бух обсуждал вариант, при котором две трети награды достались бы собеседнику, а треть — адвокату.

Издание также описывает предложения встретиться на нейтральной территории или организовать разговор с ФБР через Zoom.

Опрошенный «Известиями» американский адвокат поставил под сомнение правовую основу выплаты разыскиваемому награды за собственную явку и указал на возможный конфликт интересов.

Бух заявил редакции, что не подталкивает доверителей к сделкам: он обязан объяснять доступные стратегии, а решение принимает клиент. Предложение делить награду он отверг, назвав такую практику недопустимой.

В итоге перед нами спор о содержании переговоров с человеком под вымышленной личностью. Громкий сюжет есть; подтвержденного вывода, что адвокат продает клиентов ФБР, опубликованный материал сам по себе не устанавливает.

RSS: Новости на портале Anti-Malware.ru