Открытая ИИ-модель научилась читать геномы от бактерий до человека

Открытая ИИ-модель научилась читать геномы от бактерий до человека

Открытая ИИ-модель научилась читать геномы от бактерий до человека

Команда Arc Institute вместе с инженерами NVIDIA представила Evo 2 — геномную ИИ-модель, которая умеет не только предсказывать следующий символ в ДНК, но и в целом довольно неплохо понимать генетический код во всех доменах жизни — от бактерий до человека.

Самое приятное для науки: проект выложили полностью открыто — с весами модели, кодом и датасетом.

Если первая Evo отлично чувствовала себя на бактериальных геномах (там гены часто стоят кучками по смыслу), то с эукариотами всё куда хаотичнее: интроны, сплайсинг, регуляторные участки, которые могут быть далеко от гена, и море слабых статистических сигналов. Evo 2 как раз и задумали как ответ на эту сложную логику больших геномов.

Технически это модель на архитектуре StripedHyena 2, которая умеет работать с очень длинным контекстом — до 1 млн нуклеотидов за раз. Обучали её на OpenGenome2: это почти 9 трлн пар оснований/«токенов» ДНК из всех доменов жизни (включая бактериофаги).

При этом датасет, по описанию авторов, специально «подрезали» по части вирусов, заражающих эукариот, чтобы снизить риски потенциального злоупотребления.

Интереснее всего даже не масштаб, а то, что модель «нащупала» сама. В аннотациях к работе описывают, что Evo 2 выучила признаки вроде границ экзонов / интронов (сплайс-сайтов), участков связывания транскрипционных факторов, даже некоторые структурные элементы белков — то есть куски биологии, которые человеку часто приходится ловить отдельными инструментами и с погрешностями.

А в прикладной части авторы показывают, что Evo 2 может оценивать влияние вариантов в геноме без дообучения под конкретную задачу — например, для вариантов гена BRCA1 в тестах заявляется точность выше 90% в классификации «похоже на доброкачественный» против «потенциально патогенный». Это ровно тот случай, когда модель может стать полезным фильтром: подсказать, на какие мутации тратить время в лаборатории в первую очередь.

Минцифры усилят два новых заместителя министра

Определены кандидатуры на должности двух заместителей главы Министерства цифрового развития, связи и массовых коммуникаций. Один из кандидатов уже работает в ведомстве, другой имеет опыт как на госслужбе, так и в бизнесе. Изменения связывают с «усилением управленческой команды».

О новых назначениях в Минцифры сообщает ТАСС со ссылкой на источники. По их данным, назначения должны состояться в ближайшее время.

Имена кандидатов источник не раскрывает. Однако, по его словам, один из будущих заместителей министра уже работает в Минцифры, а другой имеет опыт работы и в бизнесе, и в сфере государственного управления.

Такой выбор объясняется необходимостью, с одной стороны, сохранить преемственность в управлении ключевыми процессами ведомства, а с другой — расширить экспертизу за счёт привлечения внешних кадров.

Кадровые изменения, по мнению источника, связаны с трансформацией ИТ-отрасли: «Вслед за отраслью меняется и министерство, в том числе — на уровне управленческой команды. Кадровые решения по заместителям министра цифрового развития готовились с конца прошлого года».

О реорганизации Минцифры стало известно в среду. В её рамках существенно перераспределяются структура и полномочия части департаментов. Также сообщалось о возможном уходе со своих постов двух действующих заместителей главы Минцифры — Сергея Кучушева и Александра Шойтова.

RSS: Новости на портале Anti-Malware.ru